Le contrat Madelin étant un contrat associatif, des frais permettant l’alimentation et le fonctionnement du groupement sont prélevés annuellement ou une fois à l’adhésion ( certains contrats en exonèrent leurs adhérents ). De même il est possible que des frais de dossier soient prélevés à l’adhésion pour assurer le coût administratif de la création du contrat.
Comme pour l'assurance-vie, les frais sur versement son des frais prélevés sur chaque versement effectué afin de rémunérer le distributeur du contrat. Le montant du versement effectué est ainsi diminué du montant des frais. Certains assureurs prévoient une dégressivité des frais en fonction des montants versés.
Ces frais sont exprimés en pourcentage de l'épargne et s’appliquent différemment selon le type de support d’investissement (fonds en euros ou unités de compte).
Pour le fonds en euros ces frais sont prélevés sur les intérêts crédités au 31/12 de chaque année. Le taux de rendement du fonds en euros est toujours exprimé net de frais de gestion.
Pour les unités de compte, les frais de gestion sont quant à eux prélevés sur le nombre de parts acquises.
Lorsque le contrat prévoit la faculté de modifier la répartition des avoirs entre les différents fonds du contrat, des frais sont prélevés à chaque arbitrage.
Ils sont exprimés en pourcentage du montant arbitré ( et parfois accompagné d’un montant plancher ou d’un plafond de frais ) ou forfaitaires à l’acte.
Le contrat Madelin est librement transférable d’un organisme gestionnaire à un autre mais cette opération peut engendrer des frais ( ou non ) selon les assureurs : ces frais sont exprimés en pourcentage du montant de l’épargne acquise.